Τα αίτια της κακοσμίας προέρχονται κατά 90% σε καταστάσεις που βρίσκονται μέσα στο στόμα και κατά 10% σε άλλα αίτια εκτός του στόματος.
Το στόμα περιέχει πάνω από 500 είδη βακτηριδίων, που αποτελούν τη φυσιολογική χλωρίδα του στόματος. Αυτά επιδρούν πάνω στα υπολείμματα των τροφών και διασπούν τις πρωτεΐνες σε διάφορα αμινοξέα, κυρίως κυστεΐνη και μεθειονίνη, που παράγουν θειικές ενώσεις με έντονη δυσάρεστη μυρωδιά. Ο μηχανισμός αυτός προάγεται και από την ξηρότητα του στόματος και τον κακό καθαρισμό των δοντιών και της γλώσσας.
Σύμφωνα με την Παιδιατρική Εταιρεία Κύπρου, ένα από τα κύρια αίτια της κακοσμίας του στόματος είναι η ξηροστομία. Η ξηροστομία προάγει την ανάπτυξη των μικροβίων που με τον πιο πάνω μηχανισμό προκαλεί τη δυσοσμία. Η ξηροστομία είναι πιο έντονη το πρωί γιατί η παραγωγή του σάλιου είναι μειωμένη κατά τη διάρκεια του ύπνου. Με τη πάροδο όμως της ημέρας η έκκριση του σάλιου αυξάνεται και σε συνδυασμό με τη λήψη τροφής και νερού και με τον καθαρισμό των δοντιών, η κακοσμία ελαττώνεται ή και εξαφανίζεται.
